بمقتضى الظهير الشريف المتعلق بإحداث مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة رقم 1.15.75 والمعدل بموجب الظهير الشريف رقم 1.16.81 بتحويل مقر المؤسسة إلى مدينة فاس، تتكون أجهزة مؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة مما يلي:

• 1-  المجلـس الأعلى لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة؛
• 2- المكتب التنفيذي لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة؛
• 3- الرئاسة المنتدبة لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة.

مهام المجلس الأعلى لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة

يكلف المجلس الأعلى لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة بالشؤون العامة للمؤسسة، ويتداول في كل القضايا التي تهمها، ويتخذ جميع القرارات التي تمكنها من تحقيق أهدافها، لاسيما:

• تحديد التوجهات العامة للمؤسسة؛
• دراسة برنامج عملها السنوي والمصادقة عليه؛
• دراسة القضايا المحالة عليه من قبل رئيس المؤسسة؛
• دراسة مشروع ميزانية المؤسسة والمصادقة عليه؛
• دراسة مشروع النظام الداخلي والمصادقة عليه،
• دراسة ترشيحات الأعضاء الجدد في المؤسسة، وعرضها على رئيس المؤسسة؛
• المصادقة على التقرير المتعلق بالحصيلة السنوية لأنشطة المؤسسة والتقرير المالي المنصوص عليهما في المادتين 23 و25 من الظهير الشريف؛
• الاطلاع على التقرير الذي ينجزه خبير الحسابات حول الوضعية المحاسبية للمؤسسة.

مهام المكتب التنفيذي للمؤسسة 

يقوم المكتب التنفيذي لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة بالمهام التالية:

• اتخاذ جميع التدابير الضرورية لضمان حسن سير المؤسسة والعمل على تطوير أدائها وتتبع تنفيذ أنشطتها؛
• إعداد المشاريع والبرامج التي تعرض على اجتماعات المجلس الأعلى للمؤسسة؛
• تنسيق عمل اللجان المتفرعة عن المجلس الأعلى؛
• دراسة التقارير التي تقدم إلى المجلس الأعلى قبل عرضها عليه للمصادقة.

مهام الرئاسة المنتدبة للمؤسسة

يعهد إلى الرئيس المنتدب لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة بالمهام التالية:

• تسيير شؤون المؤسسة، والسهر على حسن تدبيرها؛
• القيام بجميع الأعمال التحضيرية اللازمة لعقد اجتماعات المجلس الأعلى؛
• تنفيذ القرارات الصادرة عن أجهزة المؤسسة؛
• تمثيل المؤسسة إزاء الغير وأمام القضاء؛
• التوقيع على اتفاقيات التعاون والشراكة باسم المؤسسة، وعرضها على المجلس الأعلى للمصادقة عليها؛
• إعداد تقرير سنوي عن حصيلة أنشطة المؤسسة، وعرضه على المجلس الأعلى للمصادقة عليه.

يتولى الرئيس المنتدب لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة مهمة الناطق الرسمي باسمها. ويمكن أن يعين، من بين أعضائها، من ينوب عنه لهذه الغاية.

يمكن للرئيس المنتدب لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة، تحت مسؤوليته، أن يفوض بعض اختصاصاته إلى الأمين العام لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة.