حسب المادة الخامسة من الظهير الشريف المؤسس لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة فإن العضوية تمنح  من لدن رئيس المؤسسة، إما بمبادرة منه، أو باقتراح من المجلس الأعلى المنصوص عليه في المادة 11بعده، للشخصيات المشهود بمكانتها العلمية ودرايتها في مجال العلوم الإسلامية، الحاملة للجنسية المغربية، أو لجنسية دولة من دول أفريقيا.