حسب المادة 25 من الظهير الشريف المؤسس لمؤسسة محمد السادس للعلماء الأفارقة فإن المدير المالي للمؤسسة يعين بظهير شريف باقتراح من الرئيس المنتدب.

يتولى المدير المالي تسيير الشؤون المالية للمؤسسة، ويقوم، لهذه الغاية، بإعداد ميزانيتها والسهر على تنفيذها تحت سلطة الرئيس المنتدب. كما يقوم بضبط مواردها ونفقاتها، ومسك محاسبتها، وإعداد تقرير مالي سنوي عن وضعيتها المالية، يعرضه على المجلس الأعلى للمصادقة عليه بعد دراسته من لدن المكتب التنفيذي.